淘宝代运营公司的收费方式与合作模式因公司而异，但一般有以下几种常见的方式：

一、收费方式

固定费用：代运营公司与客户签订合同时，会商定一个固定的服务费用，这个费用通常是根据服务内容、周期和预期效果来计算的。

销售额提成：除了固定费用外，代运营公司还会按照销售额的一定比例收取提成，这通常是基于代运营公司对于销售额的贡献来计算的。

广告投放费用：代运营公司可能会为客户投放广告，广告费用通常是由客户承担的，代运营公司会按照广告投放的效果来收取一定的服务费用。

二、合作模式

全托管模式：客户将店铺的全部运营权交给代运营公司，代运营公司负责店铺的日常运营、商品上架、活动策划、客户服务等工作，客户只需要提供商品和资金。

半托管模式：客户仍然保留店铺的部分运营权，例如商品上架和客户服务等，而代运营公司则负责店铺的推广、活动策划和数据分析等工作。

顾问模式：代运营公司为客户提供咨询顾问服务，例如店铺诊断、市场分析和营销策略等，但不直接参与店铺的日常运营。

在选择合作模式时，需要考虑店铺的规模、运营经验和预期效果等因素。如果店铺规模较小，缺乏运营经验，可以选择全托管模式，将全部运营权交给代运营公司；如果店铺规模较大，有一定的运营经验，可以选择半托管模式或顾问模式，保留部分运营权或只接受咨询顾问服务。

在与淘宝代运营公司合作时，需要注意以下几点：

选择有资质的代运营公司：在选择代运营公司时，需要注意其是否有相关的资质和证书，例如淘宝认证服务商等。

明确服务内容和预期效果：在签订合同前，需要与代运营公司明确服务内容和预期效果，确保双方对于合作的目标和期望是一致的。

建立有效的沟通机制：在合作过程中，需要建立有效的沟通机制，确保双方可以及时沟通问题和解决方案。

关注数据变化：在合作过程中，需要关注店铺的数据变化，包括销售额、流量、转化率等，以便及时发现问题并进行调整。

合理控制成本：在选择代运营公司时，需要注意其收费标准是否合理，并避免不必要的花费。